10月初1日吴王命吴中书省右丞相徐达，为征虏大将军、吴平章政事常遇春，为副将军，率军25万北进中原，并发布北伐〈谕中原檄〉榜文中提出「驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民」的纲领，以此感召北方人民起来反元。
吴王还对北伐作出了部署，提出先取山东行省撤除了大蒙元帝国的屏障，在进军河南江北行省切断它的羽翼夺取安西路潼关县占据它的门槛，最后进兵包围元大都。
这时元廷势孤援绝不战而取之，再派兵西进中书省太原路、陕西行省、就可以席卷而下，北伐大军按计而行，吴征虏大将军徐达，率兵先取山东行省再西进攻下汴粱路，然后挥师潼关县，再由吴王到汴梁路坐镇指挥。
明洪武元年、蒙元至正二十八年公元1368年正月初4日，吴王朱元璋，在百官们的劝进和拥戴下，于应天府郊坛即皇帝位，立国号〈大明〉改元年号「洪武」追尊祖上四代为帝为后，意为继承韩宋小明王的大明政权，也是为了拉拢韩宋部将们的人心。
随即返回奉天殿内，由明宣国公李善长，奉册宝立妃马秀英，为大明帝后、吴世子朱标，为大明皇太子，在封李善长、徐达为左右丞相，其他有功文武之臣皆给予进爵和奖赏。
大明皇帝朱元璋，在即位诏书中大谈天命所归；自宋运既终，天命真人于沙漠，入中原为天下之主，传及子孙百有余年，今运亦终，海内土疆豪杰纷争，吾朱元璋本为淮右庶民，只是承上天眷顾、祖宗之灵，奉天法祖才在英雄豪杰之中逐鹿而起，广致英贤文武拯救百姓，使之民安田里，由文武大臣、及百司众庶尊吾为皇帝，勉徇舆情而即帝位，布告天下咸使闻知。
又大封诸将为公侯伯子男爵位，部份追封为郡王，初封六公，其中以五大将、一大臣为开国元勋，分别为明宣国公李善长、明魏国公徐达、明郑国公常遇春、明曹国公李文忠、明宋国公冯胜、明卫国公邓愈。
而后又追封死去的韩宋右翼统军元帅胡大海，为明越国公、战死的韩宋凤翔卫指挥使丁德兴，为明济国公，吴征南大将军汤和，为明信国公、韩宋亲军都指挥使冯国用，为明郢国公。
7月各路明军沿运河乘船直达海津镇。
7月27日进占大都路通州，8月明军又进逼蒙元帝都大都，而此刻蒙元四川招讨使李思齐，还在奉蒙元皇太子旨意与蒙元河南郡王知枢密院事扩廓帖木儿（王保保）交战。
接着蒙元惠宗急忙下诏让蒙元河南郡王知枢密院事前来中书省大都路救驾，丝毫把之前如何听信谗言污蔑他的事抛到脑后，但怎奈明军北伐攻势太猛了，在山东行省打败了蒙元詹事院同知脱因帖木儿（王保保弟），又俘虏了蒙元梁郡王河南江北行省平章政事乃蛮·阿鲁温，才迫使蒙元惠宗为了安起见直接带领蒙元帝后奇皇后，三宫后妃、蒙元皇太子孛儿只斤·爱猷识理答腊，开健德门逃出大都，经居庸关逃到中书省上都路退守蒙古草原。
蒙元京畿都尉孛儿只斤·库库帖木尔，被迫逃跑，就连率先赶到大都路救驾的蒙元四川招讨使也投降明军，至此98年的大元蒙古帝国灭亡。
同时大明取得了在长城以南的统治权，还赐（顺帝）封号给蒙元惠宗，并承认大元蒙古帝国的正统，但大明建立后虽然蒙元帝国失去了对中原的统治却仍然拥有着广阔的北方草原地区以及中书省北部、陕西行省西部、四川行省、云南行省、宣政院辖地、辽阳行省、岭北行省、甘肃行省、征东行省、等地仍归蒙元惠宗顺帝统治，还有西部畏兀儿、东部的高丽国和辽阳行省广宁府路的蒙元太尉扎刺儿·纳哈出，都在配合蒙元皇帝准备反扑明军，因此大明时刻感到有重大威胁。
明洪武二年、蒙元至正二十九年公元1369年2月16日，明太祖朱元璋，在鸡鸣山立功臣庙，当时他告谕中书省群臣说“